显微镜构造很复杂，种类很多，但基本结构是由机械和光学两大部分构成，现分述如下：
１、机械部分：
它是为光学部分服务的部件，包括以下九部分：
(1)、镜座：显微镜最下面呈马蹄形或园形的部分，起稳定和支持镜身作用。
(2)、镜柱：从镜座向上直立的短柱。上连镜臂，下连镜座，可以支持镜臂和载物台。
(3)、镜臂：弯曲成马蹄形的部分，便于手持，下端与镜柱相连接的地方有一个倾斜关节，可使镜臂倾斜，便于观察。
(4)、载物台：自镜臂下端向前伸出，放置标本用的平台，其中央有一个园孔，叫通光孔。台上有一移动器（老式的左右各有一个压片夹），用以固定和移动标本。
(5)、镜筒：和镜臂上方连接的园筒部分。有的显微镜镜筒内有一抽管，可适当抽长，一般长度是１６０－１７０毫米。镜筒上端装有目镜，下端有一个可转动的园盘，叫物镜转换器（或叫物镜旋转盘，固着在镜筒下端，分两层，上层固着不动，下层可自由转动。转换器上有2～4个圆孔，用来安装不同倍数的低倍或高倍物镜）。作用是保护成像的光路与亮度。
(6)、调节器（也叫调节螺旋）：为镜壁上两种可转动的螺旋，一大一小，能使镜筒上下移动，调节焦距。大的叫粗准焦螺旋，位于镜臂的上方，可以转动，以使镜筒能上下移动，从而调节焦距，升降镜筒较快，用于低倍镜对焦；小的叫细准焦螺旋，位于镜臂的下方，它的移动范围较粗准焦螺旋小，升降镜筒较慢，可以细调焦距。
(7)、倾斜关节：镜柱和镜臂交界处有一个能活动的关节。它可以使显微镜在一定的范围内后倾（一般倾斜不得超过45°）便于观察。但是在使用临时封片观察时，禁止使用倾斜关节，尤其是装片内含酸性试剂时严禁使用，以免污损镜体。
(8)、载物台：从镜臂向前方伸出的金属平台。呈方形或圆形，是放置玻片标本的地方。其中央具有通光孔，在通光孔的左右有一个弹性的金属压片夹，用来压住载玻片。较高级的显微镜，在载物台上常具有推进器，它包括夹片夹和推进螺旋，除夹住切片外，还可使切片在载物台上移动。
２、光学部分：由目镜、物镜、反光镜、聚光器等四部件组成。
(1)、目镜：装于镜筒上方，由两组透镜构成，接目镜的作用是把接物镜所形成的倒立实像再放大成为一个虚像。接目镜上刻有５×，８×，１０×，１５×，２５×等符号，表示放大倍数。我们所观察到的标本的物像，其放大倍数是接物镜和接目镜放大倍数的乘积。如接物镜是１０×，接目镜是８×，其物像的放大倍数是１０×８＝８０倍。
在接目镜内两个透镜间的光栏上可装一根剪短的毛发，做为指针，用以指示要观察的材料。
(2)、物镜：装在镜筒下端物镜转换器的孔中，一般的显微镜有２～４个接物镜镜头，每个镜头都是由一系列的复式透镜组成的，其上也有放大倍数记号，有４×，１０×，４０×及１００×。４×及１０×接物镜是低倍镜，４０×是高倍镜，１００×是油镜。低倍镜常用于搜索观察对象及观察标本全貌，高倍镜则用于观察标本某部分或较细微的结构，油镜则常用于观察微生物或动植物更细微的结构。
(3)、聚光器（集光器）：位于载物台（通光孔）下方，由两块或数块镜组成，它能将反光镜反射来的光线集中以射入接物镜和接目镜，有的聚光器可升降，便于调光，集光器下有一可伸缩的园形光圈，叫虹彩光圈，可调集光器口径的大小和照射面，以调节光线强弱（有的显微镜只有遮光极而无集光器）。光线过强时，可缩小虹彩光圈。
(4)、反光镜：是显微镜观察时获得光源的装置，位于显微镜镜座中央，一面为平面镜，一面为凹面镜。转动反光镜，可使外面光线通过集光器照射到标本上。使用时，光线强用平面镜，光线弱用凹面镜。
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