你的问题我明白了，分几层帮你解释：
1、手动对焦M看来你会了，不说了，只要对焦准肯定指哪打哪。
只说AF自动对焦。AF自动对焦模式又分三种小模式：AF-A，AF-C，AF-S，你选择了哪个小项，肩屏上就有显示。选择了AF—A自动对焦模式，相机拍摄静止对象时，自动采用单次伺服自动对焦（即AF—S模式的效果）；拍摄移动对象时，相机自动采用连续伺服自动对焦（即AF—C模式的效果）。
2、自动对焦时还有AF区域模式选择的问题：就是说无论你选择了AF-A，AF-C，AF-S哪种自动对焦模式，你还必须根据需要设置相机对焦点选择模式，D90有四种选择：单点AF区域，动态AF区域，3D跟踪，自动区域。具体解释见说明书173页。
3、具体到你问题，你拍一朵花，A档光圈优先合适，但3D测光不好，最好用点测光，更准确。自动对焦模式最好选择AF-S用单次伺服自动对焦（AF-A也行）和单点AF区域，这两个“单”配合使用效果很好。这种模式设置下，尼康单反与卡片机一样，对焦后可以半按快门锁定曝光重新构后拍摄，可以不用按AE-L/AF-L这个键。
4、你说AF-A模式，半按住快门后，移动相机重新构图时，对焦点移动了，说明你选择的AF自动对焦区域不正确。根据你描述的现象，你可能选择了AF自动区域或者动态AF区域。这种模式下必须在半按快门的同时，按AE-L/AF-L这个键才能锁定对焦。
5、根据我对尼康单反的了解，尼康的对焦点可以与测光点联动，也就是说任意对焦点都可以是测光点，一般不需要锁定曝光再重新构图；你完全可以单点对焦，移动对焦点构图后再根据对焦点自动测光和曝光。（ 这方面尼康比佳能有优势，佳能的测光的只在中央对焦点，必须锁定曝光重新构图）
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